On sait qu’en 1483 ou 1484, Josquin est au service de la famille de Sforza à Milan. Toujours à leur service, il fait un ou plusieurs voyages à Rome et probablement aussi à Paris tandis qu’à Milan il fait la connaissance de Franchini Gaffurio, maestro di capella de la cathédrale. En 1489, après une possible période de voyages, il est encore à Milan qu’il quitte cette année-là.

De 1489 à 1495, Josquin est membre du chœur papal, d’abord sous Innocent VIII, et plus tard avec l’avènement des Borgia, sous le pape Alexandre VI. Il a alors pu faire l’objet d’un échange de chanteurs avec Gaspar van Weerbeke qui est parti à Milan en même temps. Il se pourrait qu’il ait lui-même gravé dans le mur de la chapelle Sixtine le « JOSQUINJ » récemment découvert par des ouvriers qui restauraient la chapelle. Il était habituel que les chanteurs gravent leur nom sur les murs et des centaines de noms ont été inscrits là pendant la période entre les XV^e et XVIII^e siècles. Les probabilités sont très fortes pour que Josquin soit à l’origine de ce graffiti, auquel cas il s’agirait du seul autographe qui nous soit parvenu.

Le style de Josquin a évolué vers la maturité pendant cette période. Comme à Milan il avait absorbé l’influence de la musique profane, à Rome il affine la technique de sa musique sacrée. Plusieurs de ses motets datent des années qu’il a passées à la chapelle papale.

Comme le démontre un échange de lettres entre la Maison Gonzague et la famille Sforza, Josquin est très probablement retourné au service des Sforza autour de 1498. Il n’est sans doute pas resté longtemps à Milan, puisqu’en 1499 Louis XII emprisonnera ses anciens employeurs lors de la conquête de Milan pendant l’invasion du nord de l’Italie. Bien que la documentation relative à sa carrière au tournant du siècle manque, on peut penser que Josquin est revenu en France à cette époque. C’est sans doute avant de quitter l’Italie, qu’il a écrit l’une de ses compositions de musique profane les plus célèbres, la frottola El Grillo basée sur le psaume 30 In te Domine speravi. Cette dernière composition peut être une allusion voilée au réformateur religieux Girolamo Savonarola qui avait été brûlé sur le bûcher à Florence en 1498 et pour qui Josquin semble avoir eu une vénération particulière. Le texte était le psaume préféré du moine qui en a laissé une méditation inachevée en prison avant son exécution.

On a tenté de dater certaines des compositions de Josquin, telles que l’instrumental Vive le roy à la période autour de 1500 où il était en France. Le motet Memor esto verbi tui servo tuo fut, selon Heinrich Glarean, écrit dans le Dodecachordon de 1547, composé comme aimable rappel au roi de tenir sa promesse d’accorder à Josquin un bénéfice qu’il avait oublié. Selon le récit de Glarean, la manœuvre a réussi : la cour a applaudi et le roi a remis son bénéfice à Josquin. Pour sa réception, Josquin a, dit-on, écrit un motet sur le texte Benefecisti servo tuo, Domine pour montrer sa gratitude au roi.

Josquin resta probablement au service de Louis XII jusqu’en 1503, quand le duc Ercole I de Ferrare l’engagea pour sa chapelle. L’une des rares mentions relatives à la personnalité de Josquin date de cette époque. Un conseiller d’Hercule avait recommandé au duc d’engager plutôt Heinrich Isaac, lequel, plus sociable et surtout mieux disposé à négocier, coûterait nettement moins (120 ducats contre 200). Le duc choisit cependant Josquin.

A Ferrare, Josquin a écrit une partie de ses compositions les plus célèbres, dont l’austère Miserere, influencé par Savonarola, qui fut l’un des motets les plus largement répandus du XVI^e siècle, le motet virtuose Virgo Salutiferi, complètement à l’opposé et sans doute la Missa Hercules Dux Ferrariae, écrite sur un cantus firmus dérivé des lettres musicales au nom du duc, une technique connue comme soggetto cavato.

Josquin ne resta pas longtemps à Ferrare. Une épidémie de peste lors de l’été 1503 amena le duc et sa famille à évacuer la ville en même temps que les 2/3 des citoyens et Josquin partit en avril de l’année suivante sans doute pour échapper aussi à la peste. Son remplaçant Jacob Obrecht, mourut dans l’épidémie pendant l’été 1505 et fut remplacé en 1506 par Antoine Brumel qui resta à la chapelle jusqu’à sa dissolution en 1510.

De Ferrare, Josquin retourne directement dans sa région d’origine de Condé-sur-l’Escaut, au sud-est de Lille sur la frontière actuelle entre la Belgique et la France, et devient, le 3 mai 1504, prévôt de l’église collégiale de Notre-Dame, un grand centre musical qu’il dirige jusqu’à la fin de sa vie.

On ignore la réponse qu’il a pu faire au chapitre de la Cathédrale de Bourges qui lui demandait d’assurer la maîtrise des enfants de ses chœurs en 1508 : aucun registre ne mentionne son engagement en ce lieu ; la plupart des spécialistes présument qu’il est resté à Condé.

Pendant les 2 dernières décennies de sa vie, la renommée de Josquin continua à se répandre à l’étranger. Les nouvelles techniques d’impression ont aidé à une plus large diffusion de sa musique. Josquin était en outre le compositeur préféré des imprimeurs : l’une des premières publications d’Ottaviano Petrucci, qui est aussi l’impression la plus ancienne consacrée à la musique d’un simple compositeur qui nous soit parvenue, est un livre des messes de Josquin imprimé en 1502. Cette publication eut tellement de succès que Petrucci édita de nouveaux volumes des messes de Josquin en 1504 et 1514 et les ressortit plusieurs fois.

Sur son lit de mort, Josquin demanda à être enregistré en tant qu’étranger pour que sa propriété ne passe pas aux seigneurs et aux dames de Condé. Ce mince témoignage a été utilisé pour démontrer qu’il était Français de naissance. Il a par ailleurs laissé un don pour que son dernier motet, Pater noster, Ave Maria, soit chanté lors du passage des processions devant sa maison, et qu’une hostie soit placée sur l’autel à la Vierge situé sur la place du marché. Le Pater noster est peut-être sa dernière œuvre.

L’œuvre de Josquin des Prés fut largement diffusée en Europe occidentale, notamment grâce à l’imprimerie musicale naissante. Maître du contrepoint, il fut le premier grand musicien de la Renaissance et l’un des créateurs de la chanson polyphonique. Jusqu’en 1485, il a plutôt utilisé le contrepoint mélismatique à la manière d’Ockeghem. Ses laudes Victimae paschali (1502), constituent un bon exemple de son art de jeunesse. Entre 1485 et 1505, il a tenté de faire la synthèse entre la tradition polyphonique de Dufay ou Ockeghem et l’harmonie italienne ; l’anthem Planxit David ou Absalon, fili mi montrent une plus grande maturité. Ses motets postérieurs, tel In principio erat verbum, généralement des arrangements à 4 parties de textes bibliques, sont plus mélodieux.